Hola Paco,
Todo depende de cómo sea la aplicación completa y hasta dónde quieras llegar.
En este caso, si Server encapsulase todas las peticiones ajax, yo no abstraería más jQuery, ya que todo su uso quedaría limitado al objeto server.
Si hubiese muchas clases haciendo peticiones ajax, es posible que tuviese sentido encapsular el $.ajax de alguna forma.
Un saludo,
Juanma